第二部以二上刚的原作《暗河》（讲谈社文库）为基础，讲述了《黑玫瑰》中神木恭子和折原圭作的活动。在警察事务部工作并负责文件的神木（坎地亚饰）偶然来到了一位老人的非自然尸体被发现的现场。职业验尸官试图将死亡视为疾病，但怀疑谋杀的神木并不相信。另一方面，与神木同属警察局的刑事课课长织原（岸谷饰）也遇到了类似的案件。许久初次见面，两人在寻找每起案件的共同点的同时，也踏入了警察内心的黑暗。神木对一位无亲无故的老人的非正常死亡感到不协调，这种感觉蔓延成一起震惊警察组织的巨大犯罪……前警官二上刚将再次将观众带入现实而惊心动魄的刑事调查世界。